随着生物技术的发展，科研人员可以通过DNA重组技术，构建包含目的基因以及表位标记的融合蛋白，进而通过特异性标签抗体对其鉴定与纯化，以达到研究的需求。常用的标签包括Flag、HA、His、GFP、Myc、GST、V5、MBP，Strep-tag等，这些标签均可使用对应标签抗体来检测和带标签的目的蛋白的表达、细胞内定位，以及纯化、定性或定量，蛋白互作的研究等。

Flag标签

Flag标签序列为DYKDDDDK的短肽。

可位于蛋白质的C端或N端，该系统已广泛应用于各种细胞类型，包括细菌、酵母和哺乳动物细胞等，相应的Flag标签抗体也被广泛应用。由于Flag标签系统的纯化条件是非变性的，因此可以纯化所有有活性的融合蛋白。Flag标签可以通过加入肠激酶处理去除，肠激酶专一识别该肽序列C末端的5个氨基酸残基。

His标签

His标签序列为6-10个组氨酸(His-His-His-His-His-His)组成的短肽

大多设计用于重组蛋白质的亲和纯化。由于分子量较小，并且较容易分离和纯化，His融合标签与其他标签相比有很多明显优势，是目前用于纯化的融合标签中使用最为广泛的一种。利用 His标签可以建立一个基于融合蛋白的高效检测和纯化系统。

HA标签

HA标签序列为 YPYDVPDYA的短肽。

可位于蛋白质的C端或N端，该系统已广泛应用于多种细胞类型，相应的HA标签抗体也被广泛应用。HA标签抗体能特异识别C末端或N末端带有HA标签(HA-tagged)的融合蛋白。

C-Myc标签

C-Myc标签序列为EQKLISEEDL的短肽。

C-Myc标签已成功应用于WB杂交技术、免疫沉淀IP和流式细胞术中，也可用于检测重组蛋白在细菌、酵母、昆虫细胞和哺乳细胞中的表达情况。Myc重组蛋白质可通过偶联Myc标签抗体到二乙烯砜活化的琼脂糖上而进行亲和纯化。Myc标签可放在C端或N端，但Myc重组蛋白的低pH洗脱条件往往会降低蛋白质的活力，因此Myc标签系统广泛应用于检测，也有少量应用于纯化。

GFP标签

GFP大小约26KD的绿色荧光蛋白。

GFP蛋白质最早是由下村修等人在1962年在一种学名Aequorea victoria的水母中发现。该蛋白质在蓝色波长范围的光线激发下，会发出绿色萤光。GFP或其突变体EGFP等被广泛用于基因表达效率的检测，以及和目的蛋白融合表达用于检测目的蛋白的表达和分布。一般来说，GFP抗体不仅可以检测GFP或其适当的突变体，也可以检测和GFP或其适当的突变体融合表达蛋白的表达、细胞内定位，以及纯化、定性或定量检测GFP融合表达蛋白等。

GST标签

GST大小约27KD的谷胱甘肽S转移酶。

GST体系具有蛋白表达产率高、表达产物纯化方便等特点。GST融合蛋白在水溶液中可溶，可从细菌裂解液中提取，在不变性的条件下通过亲和层析得到。在原核表达体系中，谷胱甘肽S转移酶GST表达纯化系统的应用非常普遍。

V5标签

来源于副粘病毒SV5的P / V蛋白的95-108位氨基酸（GKPIPNPLLGLDST）

V5 标签常用于跨膜型蛋白和分泌型蛋白的融合表达，常被融合表达于靶蛋白的 N 末端或者 C 末端，以便对靶蛋白进行分析和鉴定。