免疫共沉淀(Co-IP)是利用抗原与抗体之间的专一性作用为基础，用于研究蛋白质与蛋白质之间相互作用的经典方法。相较于其他分子间相互作用检测方法(GST pull down 等)，免疫共沉淀实验的优势在于蛋白的结合在细胞内完成，能够反应天然状态下的蛋白质相互作用，结果更加真实可靠。

Co-IP流程  

免疫共沉淀实验流程为:收集蛋白样品—诱饵蛋白抗体沉淀诱饵蛋白—SDS-PAGE 分离蛋白—WB 检测是否存在靶蛋白。

实验关键因素

假设 Co-IP 实验的实验组为“磁珠+抗X抗体+靶蛋白 X+目的蛋白Y”，为了排除可能出现的“ 假阳性”，可根据要排除的假阳性结果。根据需要设置的实验阴性对照如下表所示:

上述为了避免出现“假阳性”的对照称为阴性对照，除此之外 Co-IP 实验还会设置一个阳性对照组(Input组)， Input组为直接利用抗体X(抗体Y)对细胞裂解液进行WB检测，验证细胞裂解液中是否存在蛋白X(蛋白Y)。在某些Co-IP实验中，实验人员会把IP后的上清分别进行蛋白X和蛋白Y的WB检测，该对照组称为Output组。

利用内源性Co-IP实验为验证两个蛋白是否存在已知作用，如果最终的结果为阳性，则可以证明两个蛋白之间存在相互作用;但如果结果为阴性，无法证明两个蛋白之间不存在相互作用，也有可能是蛋白在细胞内表达量低等原因导致。因此在进行内源性 Co-IP验证两个蛋白是否存在相互作用时，建议先做过表达Co-IP作为对照。

在清楚知道Co-IP操作流程的前提下，弄清楚图中各个部分所代表的实验步骤，结合图中展示的结果进行分析，便可以看懂Co-IP的实验结果图。关于结果的解读，我们来下期来根据图片进行讲解，敬请期待！